Saç ekiminde hazırlık, operasyon ve operasyon sonrası safhalarında yaşanabilecek en önemli komplikasyon sebebi enfeksiyondur. Fakat cerrahi operasyonun planlaması iyi yapılmış, ameliyat esnasında gerekli önlemler alınmış ve ameliyattan sonra hasta dikkat edilmesi gereken kriterlere uymuşsa enfeksiyon riski ortadan kalkmaktadır. Saç ekimine karar veren hastanın ameliyat süreci doğru yönetilirse ekimin yapılmasında herhangi bir problem ortaya çıkmayacaktır.
Saç ekimi kararı veren hastanın gerekli ön muayenesinde özgeçmiş, soy geçmiş ve sistem sorgusu (ateş, üşüme, öksürük, baş ağrısı, karın ağrısı, ishal, kabızlık, idrarda yanma, halsizlik, yorgunluk vb.) yapıldıktan sonra hastanın saçlı derisi de kontrol edilmelidir. Hasta operasyondan 12 saat önce kliniğe geldiğinde yapılan muayenede herhangi bir enfeksiyon olup olmadığı kontrol edilip ameliyat kararı verilir. Bu muayeneden önce hastaya operasyon garantisi verilmemelidir. Muayene sırasında hastada sistemik bir enfeksiyon varsa ameliyat yapılması hayati bir risk teşkil eder.
Saçlı deride herhangi bir lokal enfeksiyon bile cerrahide risk oluşturur. Saç nakli esnasında böyle bir lokal enfeksiyon bütün saçlı deriye dağılıp ameliyatın başarısız olmasına ve daha sonra düzeltilmesi çok zor olan nekrotizan fasiit gibi komplikasyonlara neden olabilmektedir. Saç ekimi işleminin alanında deneyimli bir hekim tarafından yapılması enfeksiyon kontrolü açısından da elzemdir. Ameliyatta görevli olan hemşire ve teknisyenlerin de sterilite kuralları açısından hizmet içi eğitimden geçmesi gerekmektedir.
Saç ekimi işleminden sonra enfeksiyon için ilk 48 saat oldukça kritiktir. Bu süre içerisinde gerekli önlemler hem hasta hem de hekim tarafından alınırsa enfeksiyon riski ortadan kalkacaktır. Saç ekimi ameliyatının sonunda donör saha ve ekim alanı enfeksiyondan korunmak amacıyla tamamen kapatılmalıdır ve 48 saat boyunca açılmamalıdır. Böylece ameliyatın enfeksiyon riski minimuma indirilir.
Saçlı deri kanlanmasının çok iyi olması yaşanabilecek enfeksiyon riskini düşürmektedir. Buna rağmen günümüzde saç ekimi operasyonlarında sıkça enfeksiyonlara rastlamaktayız. Bunun en önemli nedeni saç ekimi operasyonlarının ehil olmayan ve yetkisiz insanlar tarafından yapılmasıdır. Bu yüzden ameliyatı yapacak olan hekimin ve kliniğin iyi araştırılması oldukça önemlidir.